脊椎動(dòng)物基因組研究的“核心骨架”終出爐——英國(guó)《自然》和《自然·通訊》雜志28日發(fā)表一系列重磅論文，其中一項(xiàng)研究報(bào)告了16個(gè)脊椎動(dòng)物物種迄今最完整、質(zhì)量最高的基因組。這是國(guó)際“脊椎動(dòng)物基因組計(jì)劃”(VGP)論文合集中的一篇。這一宏偉計(jì)劃旨在組裝所有已知現(xiàn)存脊椎動(dòng)物物種的近零差錯(cuò)、高質(zhì)量基因組。此次的研究成果有助于回答關(guān)于生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、生物多樣性保護(hù)的根本問(wèn)題。
參考基因組能讓人們洞悉基因組的功能，實(shí)現(xiàn)跨物種比較。但是，人們對(duì)其認(rèn)知還存在一些空白，因?yàn)榈谝淮鷾y(cè)序和組裝技術(shù)成本高、工作量大，速度慢。之后的第二代短讀測(cè)序技術(shù)雖然成本降低、速度加快，由于使用的測(cè)序讀取更短，難以正確拼湊出基因組，導(dǎo)致組裝后的結(jié)果更碎片化。
技術(shù)進(jìn)步有望攻克這些困難，包括但不限于長(zhǎng)讀測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)?！蹲匀弧冯s志此次發(fā)表的一篇概述性論文，就評(píng)估了用來(lái)組裝準(zhǔn)確性高、近完整參考基因組的多項(xiàng)技術(shù)，并描述了這些技術(shù)在一群代表脊椎動(dòng)物各分目的特定物種中的應(yīng)用。
美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院國(guó)家人類(lèi)基因組研究所、洛克菲勒大學(xué)、英國(guó)劍橋大學(xué)等機(jī)構(gòu)聯(lián)合團(tuán)隊(duì)，此次先用一個(gè)物種——朱紅蜂鳥(niǎo)(安氏蜂鳥(niǎo))評(píng)估了多項(xiàng)基因組測(cè)序和組裝技術(shù)。之后，他們又在15個(gè)其它物種中應(yīng)用了其中表現(xiàn)最好的技術(shù)，這15個(gè)物種代表了主要的脊椎動(dòng)物綱，包括哺乳動(dòng)物和鳥(niǎo)類(lèi)(分別以鴨嘴獸和斑胸草雀為代表)、爬行動(dòng)物、兩棲動(dòng)物和魚(yú)類(lèi)。優(yōu)化后的技術(shù)證實(shí)了更長(zhǎng)的測(cè)序讀取能從最大程度上提高基因組質(zhì)量，組裝后的結(jié)果還能校正先前參考基因組的重大錯(cuò)誤。校正后的基因組顯示了之前參考基因組中缺失的基因，甚至是全染色體。
該研究結(jié)果為人們了解基因組演化提供了新的洞見(jiàn)，迄今最全面的遺傳密碼也為科研人員提供了資源寶庫(kù)。
作為大規(guī)模國(guó)際項(xiàng)目，“脊椎動(dòng)物基因組計(jì)劃”共有來(lái)自12個(gè)國(guó)家50個(gè)機(jī)構(gòu)的150多名科學(xué)家參與，未來(lái)還將繼續(xù)優(yōu)化相關(guān)技術(shù)，其最終目標(biāo)是為已知現(xiàn)存的71657個(gè)脊椎動(dòng)物物種的每一種繪制出高質(zhì)量、近零差錯(cuò)率、沒(méi)有空缺的參考基因組。(記者張夢(mèng)然)
關(guān)鍵詞： 脊椎動(dòng)物基因組計(jì)劃
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